Одну из причин профессор Глубоковский видел в неразумном определении тем для кандидатских и магистерских диссертаций: их глобальность не позволяет изучить и осмыслить проблему за год и даже за два, учебная задача этих опытов достигается лишь отчасти, богословская же наука практически ничего не получает. В русском школьном богословии, по мнению Н.Н. Глубоковского, нет «ни научной постепенности, ни научного преемства», а потому и научное развитие совершается слабо, «не оставляя научного наследства и не создавая научного предания»[979]
.Но была еще одна, более сложная, проблема: все, даже самые серьезные, научные сочинения – лишь ступеньки лестницы, ведущей к познанию истины, выражают истину далеко не совершенно, имеют лишь «относительную важность в научном раскрытии всякого богословского предмета и не определяют общеобязательной авторитетности». Утверждение же докторских и магистерских степеней Святейшим Синодом налагает на эти научные труды печать высшей обязательности в глазах читателей, что имеет два негативных последствия для богословской науки: тормозится здоровая научная критика исследований, «освященных» печатью синодского признания, и закрывается путь новым исследованиям, не претендующим на подобное совершенство. Н.Н. Глубоковский предлагал восстановить истинную иерархию научных и общецерковных ценностей: не придавая ученым богословским степеням не заслуженной ими общецерковной силы, передать право утверждения в кандидатских и магистерских степенях епархиальному преосвященному, относительно докторских степеней предоставить ему право, в случае несогласия с Советом, выходить на благоусмотрение Синода[980]
. Н.Н. Глубоковский касался и больной темы духовных академий – сочинений на небогословские темы, но не традиционно: так как важность светских наук для богословского образования признавалась всеми Уставами[981], необходимы и специальные исследования по этим наукам в богословском смысле[982].В обсуждениях 1896 г. впервые подвергся критической оценке институт профессорских стипендиатов: одни считали эту систему удачной, подтверждая десятилетним опытом, другие критиковали, ссылаясь на тот же опыт. Но два недостатка отметили все авторы: профессорское стипендиатство не дает практического опыта преподавания, а духовно-учебная система и духовное ведомство в целом не готовы к полноценному использованию подготовленных специалистов. Наиболее последовательным критиком и в этом вопросе оказался Н.Н. Глубоковский: он утверждал, что профессоров стипендиатский институт не готовит, магистерские диссертации не успевают «дозреть» за стипендиатский год, распределение стипендиатов по семинариям редко соответствует их специализации[983]
. Усовершенствовать систему подготовки профессорско-преподавательских кадров Глубоковский предлагал также путем синтеза идей Уставов 1869 и 1884 гг.: приват-доцентов, которым не хватало теоретической подготовки к преподаванию, соединить с профессорскими стипендиатами, которым не хватает реального опыта[984].