Наращивание военно-морской мощи вело к тому, что флот, создававшийся для защиты побережья под руководством армии, стал претендовать на независимость от неё. В мае 1893 г. был образован самостоятельный Морской Генеральный штаб, и, хотя начальник ГШ сохранял во время войны в Ставке общее руководство сухопутными войсками и флотом, 26 марта 1896 г. указом императора полномочия МГШ были расширены с «разработки планов отправки войск, ведения боевых действий и обороны морского побережья» до «разработки планов обороны страны и применения Вооружённых сил» (до такой же степени 14 января 1899 г. были редуцированы права Генштаба, на который с 9 мая 1896 г. возлагалось «руководство всеми вопросами, связанными с обороной страны и применением Вооружённых сил»)[153].
Вместе с флотом развивалась и укреплялась его разведка. Если в 1872 г. она была всего лишь информационным органом, лишённым права направлять за рубеж резидентов, то после победы в японо-китайской войне превратилась в разведывательный центр Морского Генштаба по сбору, обработке и оценке информации. Несмотря на малочисленность штатов, флотская разведка имела как постоянно действующие загранаппараты под прикрытием военно-морских атташатов при дипломатических миссиях, так и временные в ключевых пунктах базирования флотов потенциальных противников, компенсируя перерывы в поступлении данных взаимодействием с МИД, военной разведкой, компаниями «Мицуи буссан», «Нихон юсэн кайся», обработкой открытой печати и привлечением к сбору информации офицеров судовой разведки. Такая схема успешно работала во Владивостоке и Порт-Артуре, куда офицеры разведки посылались главным образом в период обострения российско-японских отношений. С 1897 г. 3-е бюро МГШ в связи с принятием царским правительством программы усиления флота стало направлять в Санкт-Петербург резидентов на постоянной основе под прикрытием языковой стажировки. Результативной деятельности японской военно-морской разведки на Дальнем Востоке и в европейской части нашей страны во многом способствовали слабая квалификация и разобщённость царских контрразведывательных органов.
В итоге к началу 1902 г. 3-е бюро МГШ располагало подробной, достоверной и регулярно обновлявшейся информацией о местонахождении всех кораблей Тихоокеанской эс кадры и Сибирской флотилии, включая совершавшие межтеатровый переход, органах управления, боевом, численном составе базировавшихся на Владивосток и Порт-Артур соединений русского флота, судоремонтных и судостроительных возможностях этих баз и порта Дальний, дислокации и численности крепостной артиллерии, запасах угля, продовольствия, состоянии телеграфной связи, морского, железнодорожного сообщения, береговых маяков, дислокации сухопутных войск в Южно-Уссурийском крае и на Квантунском (Ляодунском) полуострове[154]. Военно-морские атташе и офицеры-стажёры в России и странах Европы в 1895–1901 гг. собрали исчерпывающую информацию о боевом составе, пунктах базирования, кораблестроительной программе и боевой подготовке царского флота в целом.
Однако Россия до 1902 г. являлась только одним из потенциальных противников Японии на море, поэтому аналогичные мероприятия по усилению разведывательной работы после японо-китайской войны проводились в отношении Великобритании, Франции, Германии и США: ежегодно туда в дополнение к членам экипажей строившихся на местных верфях японских боевых кораблей направлялись языковые стажёры с заданием вести сбор информации по широкому кругу вопросов (развитие радиосвязи, подводных лодок, совершенствование артиллерийского вооружения и бронезащиты боевых кораблей, организация обучения, оперативной и боевой подготовки, и т.д.)[155], а на Тихоокеанском театре были развёрнуты нелегальные резидентуры в Шанхае (1893), Гонконге (1896), Фучжоу (1898) и Сямыне (1900).
Нацеленность разведорганов японского флота на получение информации о нескольких вероятных противниках, без акцентирования внимания на России, также проявилась в информационной работе. Если до 1895 г. её основные усилия были сосредоточены на обеспечении МГШ достоверными данными о ВМФ Китая, то после организованной Россией, Францией и Германией в апреле 1895 г. «тройственной интервенции» справочные материалы РУ МГШ стали охватывать преимущественно флоты европейских держав и США.
Так, с 1896 г. издавался ежегодно обновляемый справочник «Оборона пунктов базирования иностранных флотов в зоне Тихого океана» (с января 1902 г.– «Пункты базирования военно-морских флотов стран Европы и Америки в зоне Тихого океана»), содержавший подробное описание всех ВМБ на Тихоокеанском театре[156]. Вместе с ним с апреля 1896 г. по особому списку рассылался ежегодник «Действующие боевые корабли стран Европы и Америки» о флотах России, Великобритании, Франции, Германии, Италии, США[157].