В течение августа – сентября 1903 г. Каваками и Иванага с периодичностью 1–2 раза в неделю информировали 3-е бюро МГШ о прибытии и убытии из Владивостока и во Владивосток боевых кораблей ТОЭ, ходе их докования и ремонта, торпедных стрельбах в Амурском заливе, перевооружении зачисленных в боевой состав эскадры гражданских судов Добровольного флота, запасах и поставках угля, хотя не смогли получить детальную информацию о результатах мероприятий боевой подготовки и характере выполненных ремонтных работ, что свидетельствовало об отсутствии у них агентурных позиций в органах военного управления и на судоремонтных предприятиях[220].
За оставшимися в Порт-Артуре и Дальнем кораблями эскадры наблюдала резидентура в Чифу, а после прибытия 8 сентября нового резидента капитана 2-го ранга Ямасита Гэнтаро её прежний руководитель капитан-лейтенант Масуда Такаёри тотчас выехал на главную базу русского флота, где находился до 5 октября. Пребывание Масуда непосредственно в Порт-Артуре позволило 3-му бюро получить исчерпывающую информацию о классах, наименованиях и передвижениях базировавшихся здесь боевых кораблей, проводимых на них ремонтных работах, степени укомплектованности экипажей, артиллерийских стрельбах канонерских лодок, ходе строительства новых и дислокации уже построенных позиций крепостной артиллерии, уровне готовности строящихся миноносцев, характере дноуглубительных работ, запасах угля и продовольствия, постановках боновых заграждений, хотя резидентура не сумела опровергнуть или подтвердить слухи о наличии там подводных лодок[221].
Тем временем 12 августа по инициативе Японии в Санкт-Петербурге начались двусторонние переговоры по маньчжурской и корейской проблемам, в ходе которых Токио предложил признать за ним исключительные права в Корее, а за оппонентом – в Маньчжурии. 3 октября российская сторона дала свой ответ, согласно которому территория Кореи к югу от 39-й параллели признавалась сферой исключительных интересов Японии, но при условии, что зона к северу будет считаться нейтральной. Таким образом, водораздел между двумя странами должен был пройти по Пхеньяну. Кроме того, Россия полагала, что, поскольку Маньчжурия находится за пределами сферы влияния Японии, она не может гарантировать вывод оттуда своих войск. Империя устами министра иностранных дел 31 октября предложила создать 50-километровую нейтральную зону по обе стороны корейско-маньчжурской границы, а также гарантировать отсутствие у Японии особых интересов в Маньчжурии в обмен на признание отсутствия особых русских интересов в Корее[222]. После этого в переговорах была взята пауза.
Не полагаясь на возможность разрешения корейско-маньчжурской проблемы только мирным путём, командование ВМФ Японии продолжало по мере ввода в строй новых боевых кораблей совершенствовать организацию Флота постоянной готовности. 5 сентября вице-адмирал Хидака образовал на базе подчинённых ему соединений 1-ю (6 эскадренных броненосцев, а также 7 эсминцев приданных 1-го и 4-го дивизионов), 2-ю (6 броненосных крейсеров 1-го класса, а также 4 эсминца приданного 2-го дивизиона) и 3-ю (2 бронепалубных крейсера 2-го класса, а также 3 эсминца приданного 3-го дивизиона) эскадры с сохранением самостоятельных Учебного отряда и Отряда постоянной готовности. Такая организация военно-морских сил просуществовала до преобразования Флота постоянной готовности в Объединённый флот 28 декабря 1903 г. Всего же с 11 сентября по 30 ноября в его состав из резерва вошли ещё 2 бронепалубных крейсера 2-го класса, 2 бронепалубных крейсера 3-го класса, 4 эсминца, что позволило к началу зимы 1903 г. довести укомплектованность флота до 95 % от штатов военного времени[223]. 19 октября командующим Флотом постоянной готовности вместо Хидака был назначен вице-адмирал Того Хэйхатиро.
Реорганизация и пополнение корабельной группировки Флота постоянной готовности осенью 1903 г. обусловливались прежде всего поступившей в МГШ информацией о спланированном в ближайшее время усилении Тихоокеанской эскадры боевыми кораблями отряда контр-адмирала А.А. Вирениуса (эскадренные броненосцы «Цесаревич», «Ослябя», броненосные крейсеры «Баян», «Дмитрий Донской», бронепалубный крейсер 1-го ранга «Аврора», бронепалубный крейсер 2-го ранга «Алмаз», 7 эсминцев, 4 миноносца, 3 транспортных судна), которые с начала августа несколькими группами совершали межтеатровый переход из Кронштадта на Дальний Восток: первая информация об уходе с Балтики 4 миноносцев была направлена в Токио военно-морским атташе в Санкт-Петербурге капитаном 1-го ранга Сакаи Тадатоси 1 августа, после чего вплоть до 7 ноября он свое временно информировал 3-е бюро об убытии оставшихся вымпелов, а флотская разведка отслеживала их дальнейший маршрут через ВМАТ в Великобритании, представительства компании «Мицуи буссан» в Сингапуре и Порт-Саиде, а также по публикациям в российских газетах «Котлин», «Кронштадт», «Новое время» и «Новый край»[224].