Спустя несколько дней после совещания командование японского флота провело срочную реорганизацию центральных органов военного управления, в результате которой 6 января 1904 г. все бюро МГШ были преобразованы в отделения, а руководство агентурной разведкой было возложено на его 3-е отделение, отвечавшее за «изучение вопросов организации Вооружённых сил и национальной обороны всех стран, состояния и перемещений иностранных флотов на Азиатском театре, связанных с Восточной Азией дипломатических инцидентов, перевод зарубежной литературы»[234]. Несмотря на смену названия, численность штатов военно-морской разведки практически не изменилась: центральный аппарат 3-го отделения насчитывал 5 офицеров в звании капитан 3-го ранга – капитан 1-го ранга и 11 гражданских специалистов. Кроме того, начальнику МГШ подчинялись 10 прикомандированных офицеров и гражданских специалистов, а также 8 военно-морских атташе[235].
Одновременно новым резидентом в Чифу был назначен капитан 2-го ранга Мори Ёситаро. Выехав из Токио 4 января, он прибыл к месту службы 12-го числа. На приём дел и агентуры у него ушло две недели, после чего 28 января прежний резидент капитан 1-го ранга Ямасита Гэнтаро вернулся в Токио, где включился в завершающую стадию оперативного планирования[236].
Кроме того, для наблюдения за нахождением в Порт-Саиде отряда контр-адмирала А.А. Вирениуса туда из Санкт-Петербурга 9 января 1904 г. был командирован языковой стажёр капитан 3-го ранга Кавахара Кэсатаро. В соответствии с приказом заместителя военно-морского министра от 14 января, Кавахара во время нахождения в Египте должен был докладывать о наименовании, характере грузов, времени прохождения через Суэцкий канал эскадренных броненосцев и миноносцев российского ВМФ, кораблей Добровольного флота и транспортных судов; о наименовании, водоизмещении и времени прохождения через канал эскадренных броненосцев и миноносцев ведущих европейских держав в случае их намерений усилить военно-морское присутствие на Дальнем Востоке из-за обострения российско-японских отношений; о перемещениях кораблей Черноморского флота и русской Средиземноморской эскадры; о военно-политической обстановке на Ближнем Востоке, развитии ситуации вокруг македонской проблемы и вероятных действиях великих держав[237].
Кавахара прибыл в Порт-Саид 19 января. Из-за отсутствия личного шифра он до 20 февраля использовал для отправки телеграмм в Токио торговый код местного отделения компании «Нихон юсэн кайся», после чего японский военно-морской атташе во Франции доставил ему шифродокументы флота. В марте 1904 г. Кавахара вернулся в метрополию.
В остальном же организация зарубежного разведаппарата Морского Генштаба Японии накануне войны изменений не претерпела.
В рамках заблаговременной подготовки к боевым действиям против России летом 1903 г. – зимой 1904 г. 3-е бюро МГШ методично накапливало и периодически рассылало в адрес 1-го (оперативного) бюро, нижестоящих штабов, командиров боевых кораблей и органов военного управления армии справочные материалы о составе, местонахождении, командных кадрах морских сил противника на театре, организации береговой обороны его пунктов базирования и системе материально-технического обеспечения.
Так, 31 июля 1903 г. 3-е бюро напечатало и разослало секретную «Карту оборонительных укреплений Владивостока», которая была уточнена в октябре на основе информации капитана 2-го ранга Иноути Кинтаро и некоего офицера английского флота, а в январе 1904 г. Морской Генеральный штаб составил её окончательный вариант. 2 октября 1903 г. военно-морская разведка подготовила таблицу «Докование боевых кораблей русской Тихоокеанской эскадры», в ноябре – «Краткий справочник сигналов русского флота», а с декабря стала рассылать еженедельные сводки о местонахождении на Дальневосточном морском театре корабельной группировки царского флота.
Тогда же, в декабре 1903 г., 3-е бюро издало справочник «Таблицы вооружения русских боевых кораблей на Тихом океане», в котором подробно описало количество, расположение, калибр тяжёлых, лёгких орудий, минно-торпедных аппаратов, наличие прожекторов и бронирование на всех эскадренных броненосцах, броненосных крейсерах, бронепалубных крейсерах 1-го и 2-го рангов Эскадры Тихого океана и отряда контр-адмирала А.А. Вирениуса. Авторы справочника соотнесли эффективность тяжёлого артиллерийского и минно-торпедного вооружения боевых кораблей ВМФ России и Японии[238].
В январе 1904 г. 3-е бюро составило таблицу «Силуэты боевых кораблей и катеров иностранных флотов в зоне Тихого океана», предназначенную для опознания боевых кораблей ВМФ Японии, Великобритании, США, России, Франции, Германии и Италии, причём в ней были отображены не только все вымпелы Тихоокеанской эскадры, но и эскадренные броненосцы и крейсеры отряда Вирениуса[239].