До 1903 г. в Российской империи отсутствовали специализированные подразделения, занимавшиеся контрразведкой. Среди прочих задач борьба со шпионажем была возложена на Отдельный корпус жандармов Департамента полиции Министерства внутренних дел, которую он вёл силами территориальных подразделений – губернских (областных) жандармских управлений, жандармских округов, жандармско-полицейских управлений железных дорог, крепостных (пеших) жандармских команд и жандармских дивизионов. В Приамурском генерал-губернаторстве для надзора за соблюдением законности и охраны общественного порядка в 1893 г. было образовано жандармско-полицейское управление на Уссурийской железной дороге, которому подчинялась сформированная тремя годами спустя Владивостокская крепостная жандармская команда. Штаты жандармско-полицейского управления были малочисленными: в 1901 г. оно имело 10 отделений в составе 275 сотрудников; Владивостокская команда насчитывала 12 жандармов. Кроме того, в декабре 1902 г. в Порт-Артуре была образована жандармская крепостная команда, осуществлявшая паспортный контроль, борьбу с иностранным шпионажем, перлюстрацию почты, общеполицейскую службу, конвоирование заключённых и т.п.[248] Основным методом их контрразведывательной деятельности был пассивный надзор за проживающими и путешествующими по России иностранцами.
Поэтому задержание японских агентов в Порт-Артуре и Владивостоке в 1898–1903 гг. во время сбора ими информации о крепостных укреплениях и дислокации войск было не следствием продуманных и систематических оперативных мероприятий со стороны жандармских органов, а, скорее, стечением обстоятельств. Недаром в августе 1906 г. начальник владивостокского отделения жандармско-полицейско-го управления по Уссурийской железной дороге ротмистр К.П. Михайлов в «Краткой объяснительной записке о японском шпионаже» констатировал, что информацию о деятельности разведки противника в порту он стал получать только во время войны, «борясь [с ней] небольшими средствами; не имея опытных и верных агентов и создавая самую агентуру при тяжёлых условиях осадного положения»[249].
Также практически не велось никакой контрразведывательной работы против японских дипломатических миссий в европейской части России, хотя ещё 18 июля 1882 г. на Особом совещании при Главном штабе Военного министерства в присутствии представителей МВД, МИД и Министерства финансов по вопросу создания единого органа борьбы со шпионажем было высказано мнение о том, что «предложенные меры принесут некоторую пользу, если ныне же учреждён будет постоянный полицейский надзор за военными и консульскими агентами с целью выяснения лиц, с которыми они находятся в постоянных сношениях, и мер, ими принимаемых для сбора секретных сведений».
Только 2 февраля 1903 г. Военно-учёный комитет Главного штаба подготовил за подписью военного министра А.Н. Куропаткина на имя Николая II проект создания органа военной контрразведки – разведочного отделения. После получения императорского одобрения и проведения необходимых организационных мероприятий, разведочное отделение во главе с ротмистром В.Н. Лавровым в июне 1903 г. приступило к работе. Однако ввиду своей малочисленности (13 гласных и 9 негласных сотрудников) отделение перед вой ной смогло взять под наблюдение только военные атташаты Японии, Германии и Австро-Венгрии в Санкт-Петербурге, не сумев, таким образом, пресечь разведывательную деятельность японского военно-морского атташе и прикомандированных к нему языковых стажёров. При этом основными методами оперативной деятельности отделения были наружное наблюдение за фигурантами разработок и перлюстрация их почтовой корреспонденции[250].
В составе Морского Генерального штаба контрразведывательный орган – Морская регистрационная служба – был образован только в 1915 г.
В начале февраля 1904 г. напряжение в российско-японских отношениях достигло своей кульминации: 1 февраля посланник в Санкт-Петербурге Курино Синъитиро проинформировал Токио о беседе с российским министром иностранных дел В.Н. Ламсдорфом, в которой тот не только не смог назвать предполагаемую дату ответа на японское предложение от 13 января, но и объяснил задержку возникшими разногласиями между правительством и наместником на Дальнем Востоке Е.И. Алексеевым[251].
Два дня спустя резидент МГШ в Чифу капитан 2-го ранга Мори Ёситаро направил в Токио срочную телеграмму, ставшую поводом для начала войны: «По сообщению из Порт-Артура, около 10.00 3 февраля 6 русских эскадренных броненосцев „Ретвизан“, „Победа“, „Петропавловск“, „Полтава“, „Пересвет“, „Цесаревич“, 6 крейсеров „Баян“, „Паллада“, „Диана“, „Аскольд“, „Боярин“, „Новик“, 2 минных транспорта „Амур“, „Енисей“ и канонерская лодка „Гиляк“ вышли из порта в неизвестном направлении»[252].