Учреждение в составе Особого делопроизводства МГШ Морской регистрационной службы для руководства контрразведкой на флоте состоялось только 23 марта 1916 г. Несмотря на это, контрразведывательное отделение при штабе Сибирской военной флотилии так и не было создано[387].
Основные усилия царских контрразведывательных органов был направлены на противодействие японской военной разведке, которая развернула активную работу после восстановления межгосударственных отношений в 1906 г. как на Дальнем Востоке, так и в европейской части России. Царские контрразведчики держали под плотным наблюдением всех сотрудников военного атташата при японском посольстве в Санкт-Петербурге и языковых стажёров, контролировали их перемещение по стране, внедрили свою агентуру в разведцентр Квантунского генерал-губернаторства в Чанчуне, который занимался сбором сведений о Приамурском крае, Забайкалье и Северной Маньчжурии. Венцом контрразведывательной деятельности стала дешифровка специалистами МИД России в 1915–1917 гг. шифропереписки японского посла и военного атташе в нашей стране[388]. Однако вскрыть шифроключи военно-морского атташе русским специалистам не удалось, и в отличие от военной разведки 4-му отделению МГШ Японии удалось избежать громких шпионских скандалов в межвоенный период.
Централизация и усиление деятельности царской контрразведки вкупе с отсутствием у 4-го отделения МГШ собственной резидентуры во Владивостоке и нерегулярным поступлением оттуда информации от коммерческого агентства (консульства) создавали ему на первых порах определённые проблемы в получении достоверных сведений о состоянии ВМФ Российской империи, особенно на Дальнем Востоке. Тем не менее сразу же после завершения кампании 1904–1905 гг. 4-е отделение начало готовить и рассылать в различные органы управления армии и флота, командованиям воинских частей и боевых кораблей справочные материалы о военно-морских силах России.
Уже в августе 1906 г. РУ МГШ подготовило таблицу «Силуэты боевых кораблей и катеров иностранных флотов в зоне Тихого океана». В разделе «Россия» в ней были правильно отображены оба бронепалубных крейсера, канонерская лодка «Манджур», 11 из 13 именных эсминцев Сибирской флотилии и все 3 находившиеся во Владивостоке в достройке миноносцы «Твёрдый», «Точный», «Тревожный», однако не были показаны эсминцы «Властный» и «Грозовой», 8 номерных миноносцев и 13 подводных лодок[389].
В июне 1907 г. в «Бюллетене Морского Генерального штаба» №67 сотрудники разведки опубликовали статью одного американского специалиста с анализом развития зарубежного подводного флота. В части, касавшейся России, в ней отмечалось, что накануне войны с Японией русское правительство приняло программу экстренного усиления ВМС 28 субмаринами, из которых к сентябрю 1906 г. 19 уже были построены и вошли в боевой состав флота, а 9 всё ещё достраивались. Во время войны 14 подводных лодок (в действительности 13) были доставлены по железной дороге из Санкт-Петербурга во Владивосток, где несли дозорную службу в 150 милях от базы сроком до 2 недель. В статье приводились тактико-технические характеристики действовавших и строившихся русских субмарин, давалась оценка уровню боевой подготовки их экипажей[390]. В целом публикация содержала достаточно достоверную информацию, хотя к сентябрю 1906 г. ВМФ России имели 27, а не 28 ПЛ, но в постройке действительно было только 9 субмарин.
Три месяца спустя МГШ подготовил справочник «Пункты базирования флотов ведущих стран Европы и Америки в зоне Тихого океана, Южных морей и Австралии», который представлял собой дополненное и расширенное издание выходившего с 1896 г. справочника «Пункты базирования военно-морских флотов стран Европы и Америки в зоне Тихого океана». Отдельный раздел был посвящён Владивостоку. В нём были подробно описаны места стоянок боевых кораблей и грузо-пассажирских судов, навигационно-гидрографическая, метеорологическая, санитарно-эпидемиологическая обстановка, состояние судостроительной и судоремонтной базы, приводились штатное расписание командования военного порта, данные по маякам, артиллерийским, продовольственным складам, хранилищам угля, выставленным минным и боновым заграждениям. Многие факты были почерпнуты из справочника за 1902 г. и дополнены информацией о проводившихся на ВМБ в 1904–1905 гг. мероприятиях, а сведения о численности, дислокации, вооружении войск и состоянии крепостной артиллерии во Владивостоке целиком взяты из материалов 2-го (разведывательного) управления ГШ за 1906–1907 гг. и докладов резидента военной разведки в Чифу майора Морита Тосито за август 1905 г. Кроме того, составители раздела отразили данные о составе Сибирской военной флотилии, однако указали только 8 номерных миноносцев и 8 ПЛ, не упомянув ещё 5 субмарин, 15 именных эсминцев, крейсеры «Аскольд» и «Жемчуг»[391].