Дело рассматривало Особое присутствие военно-морского суда Кронштадтского порта с 22 ноября по 11 декабря 1906 г. «Бывший контр-адмирал, а ныне дворянин Николай Иванович Небогатов, 57 лет, бывшие капитаны 1-го ранга, а ныне дворяне Владимир Васильевич Смирнов, 49 лет, Сергей Иванович Григорьев, 50 лет, Николай Григорьевич Лишин, 49 лет и капитан 2-го ранга Константин Леопольдович Шведе, 43 лет» обвинялись в том, что 15 мая 1905 г. они, «будучи настигнуты и окружены в Японском море неприятельскою эскадрою, без боя спустили флаг, не исполнив обязанности своей по долгу, присяге и в противность требованиям воинской чести и правилам Морского Устава»; остальным же вменялось в преступление то, что каждый на своём месте, «будучи осведомлён о принятом начальником эскадры и командирами судов решении сдать без боя (…) броненосцы наши неприятелю, в нарушение присяги и верности службе, имея возможность предупредить (…) преступление, заведомо допустили содеяние оного»…
Мнение военных выразил обвинитель: «По статье 354 Морского Устава командир судна должен продолжать бой до последней возможности. Во избежание бесполезного кровопролития ему разрешается не иначе как с согласия всех офицеров сдать корабль, если нельзя одолеть течи и судно начинает тонуть, если все средства обороны истощены и потеря в людях столь значительна, что сопротивление совершенно невозможно, и, наконец, в случае пожара, которого нельзя погасить.<…> Если признать, что при превосходстве сил врага сдача допустима, тогда флот утратит своё значение. Не будет, может быть, Цусимских погромов, но не будет и побед, нужных государству».
Наиболее знаменитый в блестящей команде защитников адвокат Николай Карабчевский защищал одного из второстепенных обвиняемых, но он выразил общее мнение, призвав не превращать Небогатова в виновника всего и вся: «Но не утешит ли, не простит ли и его когда-нибудь наша общая мать – родина? Она, многострадальная, понявшая, простившая и безропотно понёсшая крест Порт-Артура, Лаояна, Мукдена, Цусимы и Портсмута! Неужели не поймёт и не простит она одной только небогатовской сдачи?»